In un pentolino, fate fondere il burro a fiamma bassa. Aggiungete la farina e mescolate con una frusta fino a ottenere un composto liscio e omogeneo, senza grumi.
Versate il latte a temperatura ambiente a filo, continuando a mescolare. Aggiungete un pizzico di sale e una spolverata di noce moscata. Cuocete per 5-6 minuti, mescolando continuamente, finché la salsa non diventa cremosa. Infine, incorporate il Grana Padano DOP grattugiato e mescolate fino a completo scioglimento.
Lavate accuratamente le zucchine e i peperoni. Tagliate le zucchine a rondelle sottili e i peperoni a striscioline. Portate a bollore abbondante acqua salata in una pentola capiente.
In una padella ampia, fate rosolare uno spicchio d’aglio (o, se preferite, del cipollotto) con un filo d’olio extravergine. Aggiungete le zucchine e i peperoni e fate cuocere a fuoco medio per circa 10 minuti, regolando di sale e pepe. Nel frattempo, lessate i rigatoni nell’acqua bollente fino a metà cottura (al dente).
Scolate la pasta e trasferitela direttamente nella padella con le verdure. Aggiungete la besciamella al Grana Padano e mescolate bene per amalgamare tutti gli ingredienti.
Versate il composto in una pirofila leggermente unta o rivestita con carta forno. Livellate la superficie e spolverate con altro Grana Padano DOP grattugiato per ottenere una crosticina dorata.
Infornate a 230°C in forno già caldo per circa 10-12 minuti, o finché la superficie non risulta gratinata. Sfornate e lasciate intiepidire qualche minuto prima di servire.